Управление Институтом ЮНЕСКО по информационным технологиям в образовании осуществляет Совет управляющих в составе 11 членов, которые назначаются Генеральным директором ЮНЕСКО на основе по возможности максимально широкого и справедливого географического распределения. Члены Совета отбираются с учетом их выдающихся заслуг в конкретной области и заседают в личном качестве.
Совет собирается не реже одного раза в год, а также когда это необходимо в интересах Института или его деятельности. Председатель должен созвать заседание, если этого требует Директор или не менее пяти членов Совета. Совет управляющих избирает Исполнительный комитет, который состоит из Председателя и двух его заместителей.
Новый состав Совета управляющих, утвержденный по прошествии двухлетнего переходного периода: